W roku akademickim 1971/72 dyrektorem Instytutu został doc. Jerzy Chmielowski. W tym okresie konieczna stała się organizacja wyższych lat studiów. Ich uruchomienie wymagało znacznego zwiększenia kadry, nawiązano więc współpracę z innymi ośrodkami akademickimi i badawczymi. Angażowano wykładowców Uniwersytetu Jagiellońskiego, Instytutu Ochrony Przyrody i Akademii Rolniczej w Krakowie, Instytutu Ekologii w Warszawie, Uniwersytetu Wrocławskiego, UMCS w Lublinie, Politechniki Śląskiej, Instytutu Onkologii, Instytutu Leśnictwa PAN itd. Organizacja wyższych lat studiów wymagała też utworzenia nowych zakładów. W 1970 r. powstały zakłady Botaniki i Zoologii, a w roku 1972 r. Fizjologii Zwierząt i Fizjologii Roślin.

Powołanie drugiego kierunku – obok biologii nauczycielskiej, biologii środowiska - pozwoliło na przekształcenie w 1973 r. Instytutu w Wydział Biologii i Ochrony Środowiska, którego dziekanem został prof. dr hab. Marian Pytasz. Pociągnęło to za sobą zmiany strukturalne i organizacyjne oraz rozwój dyscyplin biologicznych, które nie istniały w Instytucie. W obrębie Wydziału utworzono trzy instytuty: Biochemii i Mikrobiologii, Botaniki i Zoologii. Powstał również Samodzielny Zakład Geografii, który był podstawą zorganizowania Wydziału Nauk o Ziemi. Zwiększono liczbę zakładów z sześciu istniejących w Instytucie do 12 utworzonych w ramach Wydziału. Podzielono m.in. Zakład Ekologii Ogólnej na dwa - Ekologii Zwierząt i Ekologii Roślin.

Nazwa Wydziału określała jego specyficzny charakter, polegający na koncentracji dydaktyki i badań na ważnej dla naszego regionu biologii środowiska i jego ochrony. Na Wydziale w pełnym wymiarze pracowało trzech profesorów i dziewięciu docentów a na pół etatu trzech profesorów i docent. Znacząco wzrosła liczba pomocniczych pracowników naukowo-dydaktycznych i naukowo-technicznych. W początkowym okresie funkcjonowania Wydziału wysiłek pracowników skupiał się na prawidłowej organizacji zajęć dydaktycznych. Wymagało to przygotowania młodej kadry, zgromadzenia w szybkim czasie aparatury i wyposażenia laboratoriów oraz opracowania szczegółowych programów zajęć dydaktycznych. Jednocześnie podejmowano badania, jako nieodzowny element kształcenia kadry i studentów. Dążono do koncentracji problemów badawczych wokół procesów biologicznych, zachodzących w regionach wielkoprzemysłowych (zanieczyszczonych). Jednak zachowano także odrębność tematyczną badań, wynikających z potrzeb rozwoju poszczególnych dyscyplin biologicznych oraz planów rozwoju własnej kadry naukowo-dydaktycznej.

Struktura Wydziału zmieniła się wraz z odejściem części pracowników do nowo utworzonego Wydziału Nauk o Ziemi. Instytut Biochemii i Mikrobiologii przekształcono w Instytut Biologii Molekularnej, w którym powstały dwa nowe zakłady: Biofizyki i Biologii Komórki oraz Genetyki. W Instytucie Zoologii powołano w 1975 r. Zakład Histologii i Embriologii Zwierząt oraz Metodyki Nauczania Biologii. W tym roku Wydział otrzymał nowy budynek przy ul. Bankowej 9, do którego przeniósł się Instytut Zoologii.

W latach 1975-81 struktura Wydziału w zasadzie pozostała taka sama. Jedyną zmianą był podział Zakładu Systematyki i Geografii Roślin na Zakład Systematyki Roślin i Zakład Geobotaniki i Ochrony Przyrody oraz Zakładu Ekologii Ogólnej na Ekologię Roślin i Ekologię Zwierząt.

Kolejno dziekanami Wydziału byli: prof. dr hab. Sędzimir Maciej Klimaszewski, prof. dr hab. Mirosław Małuszyński, prof. dr hab. Zdzisław Jethon, prof. dr hab. Lesław Badura (2 kadencje), prof. dr hab. Sylwia Łabużek (2 kadencje), prof. dr hab. Iwona Szarejko (2 kadencje) prof. dr hab. Paweł Migula (2 kadencje) i obecnie, ponownie wybrana, na kadencję 2008 -2012 prof. dr hab. Iwona Szarejko.

Na początku roku akademickiego 1979/80 nastąpiła kolejna zmiana struktury Wydziału. Zlikwidowane zostały instytuty i zakłady. W ich miejsce utworzono 13 katedr oraz dwie pracownie ogólnowydziałowe. W latach 90. rozpoczęto starania o fundusze na aparaturę w ramach wydziałowych pracowni, co pozwoliło na zwiększenie ich ilości. Następnie, dzięki staraniom ówczesnego dziekana prof. Iwony Szarejko, Wydział otrzymał KBN-owski grant inwestycyjny na lata 2002-2007 na rozbudowę gmachu przy ul. Jagiellońskiej. Dzięki temu wzbogacił się o nowe pracownie badawcze, wydziałowe sterylizatory i pomieszczenia do mycia szkła, instalację wody destylowanej, pokoje hodowlane i chłodnie. W 1993 roku uruchomiono studia doktoranckie z zakresu „Przyrodnicze podstawy ochrony środowiska”. Prawo nadawania stopnia doktora Wydział uzyskał już w 1975 r. Od tego czasu nadał 294 stopni doktora nauk przyrodniczych (ostatnio nauk biologicznych z zakresu biologia). Następnym krokiem w rozwoju placówki było uzyskanie w sierpniu 1977 roku prawa nadawania stopnia doktora habilitowanego. Od tego czasu nadano 59 stopni doktora habilitowanego i wystąpiono o nadanie 23 tytułów profesora.

Badania naukowe prowadzone na Wydziale związane były w dużej mierze z ustaleniem stopnia zanieczyszczenia Górnego Śląska i Zagłębia oraz oceną możliwości remediacji i restauracji środowiska naturalnego. Główne kierunki badań to:

• badania wpływu zanieczyszczeń na strukturę i funkcję różnych poziomów organizacyjnych środowiska ożywionego: molekularnego, komórkowego, organizmów, populacyjnego i ekosystemów;

• problemy biotechnologiczne: kultury In vitro, mechanizmy regulacji genetycznej procesów biologicznych, degradacji substancji ksenobiotycznych w wodach i glebach;

• zmiany zachodzące w świecie roślin i zwierząt pod wpływem antropopresji;

• waloryzacja środowiska naturalnego jako podstawa tworzenia obszarów chronionych;

• rola bioindykacji roślin i zwierząt.

Początkowo prace naukowe były prowadzone w zespołach badawczych katedr. Z czasem powstały zespoły międzykatedralne, które nawiązywały współpracę z innymi ośrodkami w kraju i zagranicą. Tematyka badawcza Wydziału oraz rozwój kadry naukowej pozwoliły na utworzenie nowych kierunków studiów. W roku akademickim 2002/3 uruchomiono między wydziałowy kierunek ochrona środowiska, a w 2003/4 biotechnologię. 

Efekty działalności Wydziału Biologii i Ochrony Środowiska znalazły uznanie w środowisku naukowym. Wzrastał udział pracowników w radach naukowych instytutów, komitetach PAN, w kolegiach wydawnictw naukowych. Wielu pracowników uczestniczyło w działalności towarzystw naukowych krajowych i zagranicznych.

Czterdzieści lat istnienia Wydziału to może niedużo, jeżeli porównamy np. z Uniwersytetem Jagiellońskim, ale z punktu widzenia życia ludzkiego to już dwa pokolenia. W ciągu tego czasu wielu pracowników odeszło z Wydziału - do innych placówek, również za granicą, na emeryturę. Niektórzy odeszli na zawsze. Jednak każdy z nich ma swój udział w kreowaniu jego poziomu naukowego i dydaktycznego w ciągu tych 40 lat.